个体户与应届毕业生签订三方协议在原则上是被允许的。

然而，由于个体商户缺乏组织机构代码证，且未能在当地人才中心获得人事代理的资格，即使协议上加盖了公章，毕业生的就业报到证及相关就业手续也无法直接办理。

三方协议，即《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》，通常所说的《就业协议》就是指此。这是应届毕业生在初次就业时所需签订的协议。值得注意的是，三方协议并非正式的劳动合同，若已签署但尚未报到，毕业生可与公司协商解约，并确保重新派遣的权益，这样不会对其应届生身份产生负面影响。

三方协议与劳动合同之间的主要差异包括：

1. 签订时间：三方协议应在毕业生就业前签订，而劳动合同则在毕业生到用人单位报到后签订。

2. 主体：三方协议涉及应届毕业生、用人单位和学校三方，而劳动合同仅涉及劳动者（包括应届毕业生）与用人单位两方。

3. 内容：三方协议主要关注毕业生和用人单位的就业意向，不涉及具体的劳动权利和义务；而劳动合同则详细规定了劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等。

4. 目的：三方协议是就业意向的初步约定，是就业方案和劳动合同的依据；而劳动合同旨在确保劳动者和用人单位的权益。

5. 适用法律：三方协议主要依据《国家关于高校毕业生就业的规定》、《民法典》等；而劳动合同则主要依据《劳动法》和《劳动合同法》。

在签订三方协议时，应注意以下六点：

1. 核实用人单位名称与公章是否一致，并准确填写自己的专业名称。

2. 注意试用期和见习期的规定，外企、合资企业、私企一般采用试用期，而国家机关、高校、研究所则常采用见习期。

3. 尽量降低违约金，通常违约金不得超过5000元，并注意避免非法定情形的违约金约定。

4. 利用“备注”部分明确双方的权利和义务，如休假、住房、保险等福利待遇。

5. 警惕学校强迫签订“虚假”协议的情况，确保协议的真实性和合法性。

6. 严格按照规定的步骤进行签订，确保用人单位填写并盖章后再到学校就业指导中心进行签证盖章。

【法律依据】

《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。

依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。