对于一次运输49条香烟是否构成违法行为，关键在于运输的具体形式与情境。具体分析如下：

1. 混合携带情况：若香烟与个人行李或物品混合携带，且未进行专门的货物运输处理，这通常被视为个人携带。在此情境下，一次携带49条香烟并不构成违法，因为根据法律规定，个人在未取得烟草专卖品准运证的情况下，异地携带卷烟的数量上限为50条。因此，未超过此限制即视为合法。

2. 专门运输情况：若香烟是以邮寄、托运等专门的货物运输方式进行，则情况不同。按照相关规定，邮寄或托运卷烟的数量每件不得超过2条（即400支），且若同时邮寄烟叶、烟丝，则每件限重5公斤（二者合寄不得超过10公斤）。此外，每人每次限寄一件，不得多件或多次交寄。因此，在此情境下，一次运输49条香烟显然超出了限制，属于违法行为。

关于烟草准运证的办理流程，可以概述如下：

1. 准备申请材料：申请人需准备烟草专卖品准运证申办单或申请书等正式申请文书，并附上如合同、调运单等合法有效的交易凭证，这些凭证需由中国烟草总公司各相关专业公司签章确认。

2. 提交申请：申请人可通过直接前往烟草专卖局行政服务窗口提交申请，或采用信函、传真、电子数据交换、电子邮件等远程方式提交申请。申请时需填写相关表格。

3. 审核与发证：烟草专卖局行政服务窗口将审核申请材料是否齐全、是否符合法定形式。若审核通过，则核发烟草专卖品准运证。

申请办理烟草专卖品准运证需满足以下条件：

1. 调出方和调入方均须为合法的烟草专卖品经营单位。

2. 申请运输的烟草专卖品必须符合法律法规的规定。

3. 申办人需持有申请人的委托书及本人有效身份证明等合法证件。

4. 需提供合法有效的购销合同、调拨单等证明材料原件。

【法律依据】

《国家烟草专卖局、邮电部关于恢复烟草及其制品邮寄业务的通知》第二条

邮寄卷烟、雪茄烟每件以二条（400支）为限（二者合寄时亦限二条）。

《国家烟草专卖局、邮电部关于恢复烟草及其制品邮寄业务的通知》第三条

用户邮寄烟草及其制品，每人每次限寄一件，不准多件邮寄。

《中华人民共和国烟草专卖法》第二十一条

托运或者自运烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证；无准运证的，承运人不得承运。

《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》第一条

个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（50条）。个人在最高限量以内携带卷烟，不需办理携带证明。

《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》第二条

卷烟工商企业的公务人员跨地（市）携带业务用烟，超过个人携带卷烟最高限量的，必须向烟草专卖局申请办理携带证。卷烟工商企业的公务人员跨地（市）携带业务用烟的数量每人次不得超过5万支（250条）。