备案非车主机动车的违章扣分，将直接扣除处理该违章时所使用驾驶证的分数。

实际驾驶者可以携带行驶证、驾驶证及身份证，亲自前往交通管理部门的违章处理大厅或窗口进行处理。此外，现在也可以通过交管12123这一在线平台来处理违章，前提是已备案非车主机动车。

但使用交管12123软件处理违章时，需满足以下条件：

1. 违章记录需由交通技术监控设备所记录。

2. 单次罚款金额未超过200元。

3. 待处理的违章记分与驾驶人当前累计记分之和未达到12分。

使用12123备案非车主机动车并处理扣分的步骤大致如下：

1. 启动交管12123应用，进入主界面。

2. 在主界面上方的工具栏中选择“机动车”选项，进入车辆关联页面，选择“非车主机动车”。

3. 填写非车主机动车的相关信息，提交申请并上传所需证件的照片。

4. 成功关联非车主机动车后，点击机动车“未处理违法”，进入我的机动车页面。

5. 点击“未处理违法”查看并选择需要处理的违章扣分记录，进一步查看违法行为的详细信息。

6. 确认无误后，将该违法记录加入处理清单，点击“处理并缴款”进入违法处理界面。

7. 输入验证码，验证后确认交款，系统将显示违章处理说明，再次确认无误。

8. 最后选择支付方式，完成违章罚款的支付即可。

【法律依据】

《道路交通安全法》第一百一十四条，公安机关交通管理部门根据交通技术监控记录资料，可以对违法的机动车所有人或者管理人依法予以处罚。对能够确定驾驶人的，可以依照本法的规定依法予以处罚。