农民工保证金比例有2%、3%、4%、5%，不同情况的比例是有所不同的，具体分析如下：

1、合同价款在一百（不含本数）万元以下的，按价款的5%预存。

2、合同价款在一百以上（含本数）至两百万元的，按价款的4%预存。

3、合同价款在两百万元（含本数）至五百万元的，按合同价款的3%预存。

4、合同价款在五百万元以上（含本数）的，按价款的2%预存。

农民工工资保证金的收取程序是：

本市注册的二级以上施工总承包企业、一级专业承包企业和外地进津建筑业企业由市施工队伍管理站统一收取；然后企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》。

农民工工资保证金缴纳流程

2、保证金账户所属区县建设行政主管部门或市施管站开具缴款通知；

3、企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金；

4、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书；

5、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》；

6、企业办理缴纳保证金手续时，应携带资质证书原件和复印件。

【法律依据】

《农民工工资保证金管理暂行办法》第十条，建筑施工单位按下列标准预存农民工工资保证金：

(一)工程合同价款在100(不含100万)万元以下的，按工程合同价款的5%预存;工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元)，按工程合同价款的4%预存;工程合同价款在200万元至500(含200万)万元的，按工程合同价款的3%预存;工程合同价款在500万元以上的(含500万)，按工程合同价款的2%预存;

(二)上年未完工的在建工程，建筑施工企业按剩余施施工量和相应比例补存工资保证金;

(三)包工不包料的工程按工程合同价款的8%预存。