五险和农村合作医疗有冲突。

因为新农村农村合作医疗和五险中的医疗保险是冲突的，合作医疗和五险一金不能同时参加。所以就不会存在合作医疗和五险一金一起报销的情况了，通常只可以报销其中的一个。

五险和农村合作医疗的区别有：

1、保障对象不同。五险一金(社保)的参保对象主要是企、事业单位职工;而农村养老保险参保对象是年满16周岁(不含在校学生)、未参加其他社会养老保险的城乡居民；

2、缴费标准不同。五险一金(社保)是按照本市上年度在岗职工平均工资的一定比例和基数进行缴费，缴费相对较高;而农村养老保险个人缴费标准按照国家规定，目前设为每年100元至1000元10个档次。自愿选择缴费档次，缴费较低；

3、筹资结构不同。五险一金(社保)主要是用人单位和参保人，用人单位缴的是主要部分;而农村养老保险主要供款方是政府，政府给了现在的老年人基础养老金，同时对中年人的缴费予以一定金额补贴；

4、待遇标准不同。五险一金(社保)待遇不仅包括养老保险、还有医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金。养老保险的计发办法是按照养老保险政策有关规定执行，待遇标准相对较高。而农村养老保险只有养老保险和医疗保险，待遇水平较低。养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金两部分组成。

【法律依据】

《中华人民共和国社会保险法》第四条

中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。

个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。

第五条

县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。

国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。

国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。