医疗事故赔偿调解遵循的原则如下：

1、自愿调解原则，司法调解一定要建立在双方当事人自愿的基础上，不能强迫调解，不能违背当事人意志进行不平等的调解。

2、依法调解原则，调解应遵守合法性原则，包括程序合法与实体合法两个方面。要在依法的前提下，善于把握当事人形成纠纷、产生矛盾的焦点，寻找利益平衡点，寻找最佳解决纠纷方案。

3、民主调解原则，经当事人各方同意，人民法院可以委托具有相关法律知识和工作经验的组织或者个人，协助做司法调解工作。

医疗纠纷调解赔偿的程序：

（一）调委会应当指定1名或2名人民调解员主持调解，医患双方当事人对调解员提出回避要求理由成立的，应当予以调换；

（二）医患双方当事人可聘请律师或委托代理人参加调解；

（三）调解应当在专门设置的调解场所进行；

（四）调解人员进行调解时应当做好调解笔录。

【法律依据】

《医疗事故处理条例》第四十六条，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。