存单质押余额被冻结是合理的，存单质押贷款本是债务远高于质押的财产，所以银行享有优先受偿权。不过如债务人已经偿还担保物权人的债务时，担保财产未处在冻结状态，将会损害其他债权人的利益。

【法律依据】

《担保法》第六条，以第三人存单作质押的，贷款人应制定严格的内部程序，认真审查存单的真实性、合法性和有效性，防止发生权利瑕疵的情形。对于借款人以公开向不特定的自然人、法人和其他组织募集的存单申请质押贷款的，贷款人不得向其发放贷款。