《民法典》规定合同无效但已经实际履行的处理方式是：

1、行为人因该合同取得的财产，应当予以返还；

2、不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。

3、各方都有过错的，应当各自承担相应的责任；

4、一方有过错的，过错方应当赔偿对方由此所受到的损失。

【法律依据】

《民法典》第一百五十七条

民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；

不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。

有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；

各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

法律另有规定的，依照其规定。