在次年3月1日至6月30日汇算清缴时扣除。纳税人日常看病时，应当留存医药服务收费及医保报销相关票据原件(或者复印件)等资料备查，同时，可以通过医疗保障部门的医疗保障管理信息系统查询本人上一年度医药费用情况。纳税人在年度汇算清缴时填报相关信息申请退税。

【法律依据】

《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第十一条

在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。