发明专利申请实质审查进行的方式：自申请日起三年内，国务院专利行政部门根据申请人随时提出的请求，或国务院专利行政部门自行决定，对其发明专利的新颖性、创造性、实用性等实质内容予以核实。若符合法定审查标准的，应当予以授权，并发给专利证书。

【法律依据】

《专利法》第三十五条，发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。