加班费属于劳动者劳动报酬所得的有效组成部分，个人所得税是按照劳动报酬的总额进行扣取，加班费也是要扣个人所得税的。

【法律依据】《个人所得税法》第二条规定，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

(一)工资、薪金所得；

(二)劳务报酬所得；

(三)稿酬所得；

(四)特许权使用费所得；

(五)经营所得；

(六)利息、股息、红利所得；

(七)财产租赁所得；

(八)财产转让所得；

(九)偶然所得。