公司在改制重组过程中应遵循以下五个基本原则：形成清晰的业务发展战略目标，合理配置存量资源;突出主营业务，形成核心竞争力和持续发展的能力;避免同业竞争，规范关联交易;产权关系清晰，不存在法律障碍;建立公司治理的基础，股东大会、董事会、监事会以及经理层的规范运作。具体而言，此阶段主要工作有：
1、进行股权融资
拟在新三板挂牌的企业，多数为规模较小，处于成长期的高科技企业，通过银行贷款等债权融资方式，获得企业发展亟需的资金往往较为困难，股权融资成为企业解决资金瓶颈、实现快速发展的必然选择。企业在新三板挂牌后，不仅知名度和信誉得到提升，而且股权的流通性增强，这些都为企业在挂牌前引入战略投资者创造了机遇，有利于解决困扰拟挂牌企业发展的资金问题。
2、通过股权结构调整、业务重组及组织架构整合，突出主营业务，形成核心竞争力和持续发展的能力，规范关联交易，解决同业竞争。
3、建立健全股东大会、董事会、监事会、独立董事、董事会秘书制度，并保证相关机构和人员能够依法履行职责，形成规范的公司法人治理结构。
4、设立股份公司
拟挂牌企业多为有限责任公司，只有变更为股份有限公司才能在新三板挂牌上市。为了尽快实现挂牌上市，有限公司整体变更为股份时的经营业绩连续计算问题成为关键，即有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的，存续期间可以从有限责任公司成立之日起计算，存续期满两年方可在新三板挂牌转让。折股依据是“账面净资产值”而非经评估后的净资产，而且整体变更时不能增加股本和引入新股东，否则公司存续期间不能连续计算。
有限公司整体变更为股份公司大致程序如下：
(1)发起人签署《发起人协议》，约定账面净资产值折股方案及公司其他重大事项;
(2)先后召开董事会会议及股东会会议，做出全体董事或股东一致同意按《发起人协议》的约定将有限公司整体变更为股份公司的决议;
(3)聘请会计师事务所对公司进行审计、评估及验资;
(4)召开股份公司创立大会，审议通过有限公司整体变更设立股份公司的议案，审议通过《公司章程》、《股东大会议事规则》，选举股份公司首届董事会及首届监事会的成员，审议通过关于授权股份公司董事会办理与股份公司设立有关事宜的决议;
(5)办理工商登记，领取股份公司《企业法人营业执照》，涉及国有资产及外商投资的，须事先到有关主管部门办理审批手续。
