依据我国相关法律的规定，通过设卡拦截交通等方式隔离疫情是合法的，传染病蔓延时，政府部门有权采取紧急措施防控疫情。

【法律依据】

《中华人民共和国传染病防治法》第三十九条，医疗机构发现甲类传染病时，应当及时采取下列措施：

(一)对病人、病原携带者，予以隔离治疗，隔离期限根据医学检查结果确定；

(二)对疑似病人，确诊前在指定场所单独隔离治疗；

(三)对医疗机构内的病人、病原携带者、疑似病人的密切接触者，在指定场所进行医学观察和采取其他必要的预防措施。

拒绝隔离治疗或者隔离期未满擅自脱离隔离治疗的，可以由公安机关协助医疗机构采取强制隔离治疗措施。

医疗机构发现乙类或者丙类传染病病人，应当根据病情采取必要的治疗和控制传播措施。

医疗机构对本单位内被传染病病原体污染的场所、物品以及医疗废物，必须依照法律、法规的规定实施消毒和无害化处置。