签订工程合同的方式有：

1、协商方式是双方通过协商签订建设合同；

2、通过公开招标的形式，可以保证国家建设项目任务的完成，提高投资效率，中标公司与建设单位签订施工合同。

对于一些重大项目，适合通过招标方式签订。法律规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。

【法律依据】

《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。