申请发明专利证书的流程是：

一、准备专利申请文件：1、撰写发明专利申请文件；2、制作申请书文件；3、提交专利申请并获取专利申请号。

二、专利申请的审查：中国专利局会对专利申请文件进行审查，在审查过程中专利代理人会进行专利补正、意见陈述、答辩、变更等工作。

三、专利审查结论：中国专利局根据审查情况将会作出授权或驳回审查结论，这一过程的时间一般为：外观设计4-6个月，实用新型6-8个月，发明专利1年半左右。

四、办理专利登记手续或复审请求：如果专利申请被授权，则根据专利授权通知书的要求办理登记手续，领取专利证书。

【法律依据】

《专利法》第二十六条规定，申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。