破坏计算机信息系统罪的行为方式有：

1、破坏计算机信息系统功能。

2、破坏计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序。

3、故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行。

【法律依据】

《刑法》第二百八十六条，违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行；

后果严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处五年以上有期徒刑。