分公司的账在总公司的，应当并入总公司处理。分公司不是独立法人，其账务可以不单独核算，而并入总部处理，分公司作为内部核算单位，只做往来账。可设置“内部往来”的会计科目，处理内部往来款。

【法律依据】

《公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。