商标侵权的认定部门是工商行政管理部门或人民法院。

【法律依据】

《商标法》第六十条规定：有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；

不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。

工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具；

违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。