公司员工加班要扣除吃饭时间是合理的。

员工在休息日加班，单位是需要足额支付员工加班费的，但是员工在吃饭时间并没有提供劳动，单位是不需要为员工的吃饭时间支付劳动报酬的。

【法律依据】

《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。