夫妻一方不承认分居事实，另一方可以通过向法院提交以下证据证明双方已分居两年：

一、一方在外居住的房屋租赁合同；

二、双方签订的夫妻分居书面协议，如果是口头协议，必须对方承认；

三、一方向另一方发出的书面分居文书；

四、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。

【法律依据】

《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。