处理专用发票丢失情况的方法应当分情况处理：
一、发票开出未认证：
1、丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联到主管税务机关(正常)认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并用专用发票抵扣联复印件留存备查；
2、丢失抵扣联的处理：可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，将专用发票发票联作为记账凭证，专用发票发票联复印件留存备查。
二、发票开出已认证：
1、丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联作记账凭证，使用专用发票抵扣联复印件留存备查，其他无需作单独处理；
2、丢失抵扣联的处理：使用专用发票发票联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
【法律依据】
《票据法》第二十条规定，出票是指出票人签发票据并将其交付给收款人的票据行为。