从鉴定的主体上说，医疗事故技术鉴定属于集体合议鉴定制，而法医鉴定属于个人负责制。《医疗事故处理条例》第25条规定，医疗事故技术鉴定实行合议制。《医疗事故技术鉴定暂行办法》第33条第（五）项规定，经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。 从鉴定程序上说，医疗事故技术鉴定要严格按照《条例》及《医疗事故技术鉴定暂行办法》规定的程序进行，否则会因程序违法而不被法院采信。而法医机构对医疗纠纷的过错和因果关系的鉴定并没有严格的程序规定。从鉴定分析意见的内容上看，医疗事故技术鉴定的分析意见与法医鉴定的分析意见相比，前者缺乏逻辑性，而后者分析意见相对更为详尽，更具有说服力。这可能与法医鉴定专家更具有法律知识有关，而医疗纠纷鉴定实际上有时是需要一定法律知识的。从鉴定报告的形式上看，两者最大的区别在于，医疗事故技术鉴定报告书，鉴定专家是不需要签名的，而法医鉴定报告书鉴定专家是必须签名的。这是医疗事故技术鉴定最受诟病的地方，实际上也有违《医疗事故处理条例》本身规定的“公开”原则。从出庭质证的要求上看，医疗事故技术鉴定对是否出庭质证没有进行规定，在实际操作过程中是明确拒绝出庭作证的。而法医鉴定是明确规定要出庭进行质证的。虽然在司法实践中，法医鉴定专家出庭质证率也非常的低，但毕竟对其出庭质证的要求作出了明确的规定，而医疗事故技术鉴定专家拒绝出庭质证是违背民事诉讼法关于鉴定结论质证的规定，这也是法医鉴定取代医疗事故技术鉴定的比较有说服力的理由之一。在有些地方法院就曾经明确规定，医疗事故技术鉴定报告书没有鉴定专家签名，鉴定专家不出庭作证的，法院对其鉴定结论不予采纳。医疗事故技术鉴定与法医鉴定的区别在患者方看来最大的区别在于，后者更具有中立性。组织进行的医疗事故技术鉴定的医学会的章程规定其是为作为会员的医疗机构和医学科技工作者服务的，因此，《医疗事故处理条例》虽然在一定程度上改变了原来《医疗事故处理办法》中卫生部门“既做运动员又做裁判员”的游戏规则。但仍然没有从根本上改变，只不过是从“老子给儿子鉴定”变成了“兄弟给兄弟鉴定”。