同居关系子女抚养纠纷适用婚生子女纠纷问题解决。如果孩子还处于哺乳期的一般由母亲来抚养孩子，如果孩子过了哺乳期的，则根据有利于孩子健康成长的原则来判决孩子的抚养权归属。具体如下：
1、两周岁以内的子女由母亲抚养为原则。
如果母亲有以下情形之一的，也可随父方生活：
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、两周岁以后的子女由谁抚养
首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。如果父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对于子女健康成长明显不利的;