公司未经同意通过绩效扣除工资是否违法，需要根据具体情况来判断。一般来说，如果存在以下情况，公司扣除绩效工资可能是违法的：
1. 劳动合同中没有约定绩效工资：如果公司在与劳动者签订的劳动合同中未约定具体的绩效工资标准，那么公司无权扣除绩效工资。因为合同是双方约定的法律文件，必须遵循其约定。
2. 扣除绩效工资后工资低于当地最低工资标准：即使劳动合同中约定了绩效工资，扣除后的工资也必须高于当地最低工资标准。如果低于最低工资标准，是不合理的，劳动者可以向当地劳动局提出申诉，以确保工资不低于最低工资标准。
3. 公司没有公示且员工未签字确认的绩效管理制度：员工对公司的绩效管理制度应该享有知情权。公司必须在内部公示绩效管理制度，并让员工知悉且签字认可。如果公司未公示绩效制度或员工未签字确认，公司无权扣除绩效工资。
4. 扣除绩效工资未经双方协商一致并签字确认：绩效考核应包括绩效目标的制定、执行、考核和面谈等环节。如果公司要扣除绩效工资，必须提前告知员工绩效未达标的原因，并制定绩效改进计划，且双方需在这个过程中达成一致并签字确认。如果没有协商一致并签字确认，公司无权扣除绩效工资。
如果公司违反上述条件扣除绩效工资，员工可以先内部申诉，若申诉无果，可以向当地劳动局提出申诉，甚至寻求劳动仲裁，依法维护自己的权益。
另外，关于劳动合同中薪资比例的问题，劳动双方可以自由约定工资的比例，但需注意工资不得低于当地最低工资标准。如果工资低于最低工资标准，公司将承担法律责任。
需要注意的是，具体的法律适用和判断可能会因地区、具体案情等因素而有所不同。如果遇到此类问题，建议咨询当地劳动法律专业人士或相关机构，以获取更准确的法律建议和指导。
