员工以担心传染病为由，未按时返回复工的，企业应从社会责任、人性化管理和职工流失成本等角度综合考虑，根据实际情况采取灵活安排工作时间办法调整用工方式，安排其申请病假、事假等手续或安排其休年休假。

有条件的企业可以安排员工在家办公，并视为正常出勤，依法支付职工工资；员工不同意休假安排或不适宜安排其复工的，双方可在协商一致的基础上签订《待岗协议》、《劳动关系中止协议》或变更劳动合同，约定待岗劳动关系中止期间工资待遇、社会保险缴费和工龄计算等事项；另外，企业也可引导员工主动辞职或协商解除劳动关系。

双方无法协商一致的，根据企业规章制度依法依规处理。

【法律依据】

《企业职工奖惩条例》第十八条规定，职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过十五天，或者一年内累计旷工时间超过三十天的，企业有权予以除名。