企业因疫情而影响生产经营时妥善处理劳动合同变更的方式是可以通过如下方式达成共识：

1.通过职工大会、职代会、厂务公开等形式充分调动企业内部民主管理平台的作用，以求同存异；

2.企业与员工的个体协商；

3.企业与企业工会之间集体协商并签订专项集体合同。

【法律依据】

根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。