保护中小股东的合法权益的方式有每个股东都都享有知情权，当知情权受到侵害时，可以起诉公司。中小股东还具有优先购买权以及转让股权的权利。小股东享有的权利如下：

1、选择管理者的权利；

2、知情权；

3、参加股东会或者股东大会表决的权利；

4、优先认购权；

5、分红权；

6、法律、公司章程规定的其它权利。

小股东可以通过以下措施和制度保护自己的权利：

(1)可以查阅公司会计账簿。

(2)可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。当股东会、董事会的召集程序，表决方式违反法律、行政法规规定或者公司章程，或者决议内容违反公司章程时，股东可以自作出决议之日起60日内请求人民法院予以撤销。

(3)可以要求退股。公司连续5年盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，但不向股东分配利润的，对股东大会该项决议投反对票的股东可以要求公司以合理价格收购其股权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼。

(4)特殊情况下股东可以申请法院解散公司。

(5)可以提起直接诉讼。

(6)可以提起股东代表诉讼。当公司董事、经理等高级管理人员或者公司以外的他人侵犯了公司权益，给公司造成了损失而公司不予追究时，股东可以以自己的名义依法向人民法院提起诉讼，以维护公司和自身的权益。

【法律依据】

《公司法》第二十二条，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。

股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。

公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。