建设工程施工合同被确认为无效后，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

【法律依据】

《建筑法》第五十五条，建筑工程实行总承包的，工程质量由工程总承包单位负责，总承包单位将建筑工程分包给其他单位的，应当对分包工程的质量与分包单位承担连带责任。分包单位应当接受总承包单位的质量管理。