私募基金运作第三阶段备案流程是：

1.基金管理人登记私募基金管理人应当向基金业协会履行基金管理人登记手续并申请成为基金业协会会员;

2.基金备案私募基金管理人应当在私募基金募集完毕后20个工作日内，通过私募基金登记备案系统进行备案;

3.私募基金管理人应当按照规定向基金业协会报送高级管理人员及其他基金从业人员基本信息及变更信息;

4.备案时间及要求私募基金管理人应当在每月结束之日起5个工作日内。