个人承包工程合同开票可以带上身份证和承包合同到税务局申请代开，是唯一合法渠道，并依法缴纳税款。

根据《合同法》第二百七十二条，发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程肢解成若干部分发包给几个承包人。总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。