股权转让协议生效与股权转让生效时间是不一致的，股权转让生效是在协议生效之后。股权转让协议的主要内容就是转让股权，实质是处分其所有的股权。

无论是公司变更登记还是工商变更登记，都不是股权转让合同的生效要件。只要股权转让合同是当事人的真实意思表示，符合法律规定的转让条件，应当认定股权转让合同的效力。

股东名册变更登记或者工商变更登记，是在股权转让合同生效并履行后才可进行。如果股权转让合同未生效，就不可能发生股权转让的后果，股东名册变更登记或者工商变更登记就不可能进行。股东名册变更登记与工商变更登记，都是对股东转让股权的股东变更的公示。

法律依据：

《公司法》第三十二条

有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项： (一)股东的姓名或者名称及住所; (二)股东的出资额; (三)出资证明书编号。记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。 公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。