商标使用费不能在税前扣除。商标使用费属于特许权使用费之一，法律明确规定了，企业内部各营业机构之间缴纳的特许权使用费，不得税前扣除。

由于企业所得税法采用企业所得税，企业分支机构属于企业总部的组成部分，不是外部独立的实体，不能成为独立的企业所得税纳税人，应当由企业总部统一代表进行汇总纳税。

【法律依据】《企业所得税法实施条例》第四十九条，不得税前扣除的特许权使用费。

由于母公司与子公司属于不同独立法人企业，存在着控制与被控制的关联关系，应当按照独立企业之间的公平交易原则来确定商标使用费的价格，作为企业正常的费用进行税务处理。