代缴员工个人所得税的流程如下：

1、发工资前，计算员工实发金额及税金；

2、月初时，根据税金信息在地税网上做综合申报；

3、完成申报后，打印缴款书；

4、做个税的明细申报；

5、检查明细申报是否成功。

【法律依据】

《工资支付暂行规定》第十五条：用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。