合并决议合法的公司承担责任，决议违法的做出决议的股东承担责任。如果作出合并的决议本身没有问题，作出决议的流程符合法律且决议具有正当目的，仅是合并的外部程序不符合法律规定或存在瑕疵，则由负有通知、公告、办理变更登记的公司承担责任；如果作出合并的决议不合法，则由作出决议的公司股东承担责任。

【法律依据】

《公司法》第一百七十三条 【公司合并的程序】公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。