农民工工资保证金的缴纳比例如下：
1、合同价款在一百（不含本数）万元以下的，按价款的5％预存；
2、合同价款在一百以上（含本数）至两百万元的，按价款的4％预存；
3、合同价款在两百万元（含本数）至五百万元的，按合同价款的3％预存；
4、合同价款在五百万元以上（含本数）的，按价款的2%预存。

农民工工资保证金的收取程序是：

本市注册的二级以上施工总承包企业、一级专业承包企业和外地进津建筑业企业由市施工队伍管理站统一收取；然后企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》。

农民工工资保证金缴纳流程

2、保证金账户所属区县建设行政主管部门或市施管站开具缴款通知；

3、企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金；

4、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书；

5、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》；

6、企业办理缴纳保证金手续时，应携带资质证书原件和复印件。

【法律依据】

《保障农民工工资支付条例》第二十四条
建设单位应当向施工单位提供工程款支付担保。
建设单位与施工总承包单位依法订立书面工程施工合同，应当约定工程款计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，并按照保障农民工工资按时足额支付的要求约定人工费用。
人工费用拨付周期不得超过1个月。
建设单位与施工总承包单位应当将工程施工合同保存备查。

《建设领域农民工工资支付管理暂行办法》第十五条

企业应按有关规定缴纳工资保障金，存入当地政府指定的专户，用于垫付拖欠的农民工工资。

《保障农民工工资支付条例》第三十二条

施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。

工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。

工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。