派出所调解不会留有案底。民事纠纷只是在派出所留有问询记录或调解记录，不叫案底。留有案底的是属于刑事案件。

【法律依据】

《中华人民共和国人民调解法》第三条，人民调解委员会调解民间纠纷，应当遵循下列原则：

（一）在当事人自愿、平等的基础上进行调解；

（二）不违背法律、法规和国家政策；

（三）尊重当事人的权利，不得因调解而阻止当事人依法通过仲裁、行政、司法等途径维护自己的权利。