如果发生了医疗事故不承认后也是可以向当地的卫生行政部门提出异议申请的。相关部门在受理了相关的申请后应该在规定的期限内做出决定，在医疗事故双方对赔偿的具体金额以及赔偿的项目协商无法一致后，当事人可以向当地的法院提出诉讼申请。

【法律依据】

《医疗事故处理条例》第四十七条，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。