农村合作医疗的生效时间是从办理参保手续的第二年的1月1日起至该年度的12月31日止。

农村合作医疗制度，是中国农村社会通过集体和个人集资，用以为农村居民提供低费的医疗保健服务的一种互助互济制度。新型农村合作医疗是以年度为单位办理参合手续。

并且在同一个缴费年度内享受该年度的合作医疗报销待遇。所以，农村合作医疗交完相关费用后，从下一年的1月1日开始生效，而不是当天缴费当天生效。