疫情期间不让进小区是否合法需要视情况而定。在现阶段，并没有相关法律法规支持物业公司、居委会以及村委会擅自升级防控措施，剥夺所有人员应有的基本权利。

在特定的疫情情况下，为了保护人民群众的财产安全，各地出台相应的政策以防止疫情的扩散，对此我们应予尊重并积极配合，但是不能采取一刀切的方式方法。

【法律依据】《传染病防治法》第42条规定，行政机关有权作出该小区封闭管理的决定。此时行政机关做出小区封闭管理决定并不构成对公民行动自由权的侵害。