申请办理撤销连续三年停止使用注册商标申请，应提交以下材料：

1、撤销连续三年停止使用注册商标申请书(应注明撤销理由)；

2、申请人直接到商标注册大厅办理的，提交申请人经签字或盖章确认的主体资格证明文件(包括营业执照副本、身份证等）。同时需要提交经办人的身份证原件和复印件，原件经比对后退还；

3、委托商标代理机构办理的，需要提交申请人的主体资格证明文件(主要包括营业照副本、身份证等)；同时需要提交商标代理委托书。

【法律依据】

《商标法》第四十九条规定，商标注册人在使用注册商标的过程中，自行改变注册商标、注册人名义、地址或者其他注册事项的，由地方工商行政管理部门责令限期改正；期满不改正的，由商标局撤销其注册商标。注册商标成为其核定使用的商品的通用名称或者没有正当理由连续三年不使用的，任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标。商标局应当自收到申请之日起九个月内做出决定。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长三个月。