纠纷背景：

某有限责任公司为本世纪初由事业单位改制组建而成，初始注册资金1000万元，由社会法人股、职工持股会及40多名自然人股东分别持有。
公司经过十多年的运作及股东自然更替（退休年龄的股东都退股，也吸纳新股东，股东小幅度增配过两次股），目前注册资金为3000万元，上述股东分别持有约35%、25%（含工会暂持约5%）及40%（自然人股东每人持股约0.3%~2%左右不等）。
另公司对外持有两家有限公司的一定比例的股权，近两年来一直致力与这两家公司合并重组（有限公司转变为股份公司）。当时由于三个公司合计股东人数超过200人，公司领导曾提出过双职工自然人股东采用股权转让方式，来减少股东人数，但由于仍然超出股东数限额，且三家公司股权结构不均衡，无法进一步深入开展。目前通过自然退休退股，股东人数已在合理范围中，公司正抓紧推进三家公司合并重组。

这家公司章程对股权转让的条款为：
股东之间可以相互转让其全部或部分股权，但应报董事会备案并办理相应手续。
股东向股东以外的人转让股权时，应经其他股东过半数同意，具体按照《公司法》第七十二条规定办理。
股东因退休、离职、死亡等各种原因与公司解除或调整劳动关系时，股东或其法定继承人必须向公司指定的机构或自然人转让其相应股权，……,在股权正式转让前，股权由公司工会暂时托管，待下一次股东会会议讨论决策。公司应在受让方递交完善的转让材料后的三十个工作日内协助办理相应的手续。

纠纷过程：

今年初公司一自然人股东在退休前几个月，向公司领导提出按《公司章程》规定的股权内部转让方式，出让其持有的股权给公司另一位自然人股东（受让后其股权增加略超自然人股东中最大股东），成为自公司成立以来第一位以股权内部转让方式出让股权的股东。
出让方与受让方根据《公司章程》及《公司法》，正式提交公司董事会《公司内部股权转让协议》及《股权转让报董事会备案书》，并办理了相关纳税，股权交割证明。受让方请公司相关部门按照《公司法》第七十三条规定及《公司登记管理条例》相关规定，在股权内部转让协议签署后30日内，协助办理工商变更等手续。
公司法司法解释三第23条规定：当事人依法履行出资义务或者依法继受取得股权后，公司未根据公司法第三十二条、第三十三条的规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记，当事人请求公司履行上述义务的，人民法院