著作权和专利权保护的客体不同，依你的问题为例，美术作品只能通过著作权保护，可以进行著作权登记以证明你的著作权完成时间及归属，而毛绒玩具只能申请专利权（外观设计）而不能进行著作权登记。别人已经根据你的美术作品制作了毛绒玩具，你想通过将毛绒玩具申请专利的途径进行维权是行不通的，对方已经开始销售玩具，你再将同样或类似的玩具申请专利权，已经没有新颖性，即使获得专利授权，也没有稳定性，无法有效维权。出现这种情况，可以直接用著作权来进行维权，只是有两个难点：证明著作权产生的时间及对方侵权的时间。

如果经常创造美术作品，即使这个作品被侵权无法弥补，也要在以后的作品中加强作品的保护。寻找专业的知识产权律师，可以帮你保护自己的作品，并在以后的维权中获取收益。