需要视以下情况而定：

1)如果员工违反了防止疫情相关规定，导致传染扩大，情节严重的，可能构成危害公共安全罪，而被追究刑事责任。在员工被追究刑事责任的前提下，用人单位可以根据《劳动合同法》第39条的规定，单方解除劳动合同而无需支付经济补偿金。

2)如果员工违反规定，而被立案侦查，但尚未被处以刑事责任的，在此期间，根据《关于贯彻执行(劳动法)若干问题的意见》第28条的规定，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。劳动合同中止期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务。

3)如果员工只是不配合防疫措施，但并没有被立案侦查或处以刑事责任，原则上，公司不能对员工进行处分或解除劳动合同。但是，如果公司的规章制度中有明确规定的，则可以根据规章制度的规定对员工做出处分。